Pada sektor pelayanan MTsN 9 Bantul mempunyai inovasi 9 pelayanan prima, yaitu jalur khusus difabel (tunanetra dan tunadaksa), fasilitas difabel (parker dan kamar mandi khusus), ruang PTSP representative, PTSP online dengan 25 layanan yang terintegrasi Kankemenag Bantul, layanan ramah anak (playroom dan ruang laktasi), aduan masyarakat internal offline dan online, serta SOP setiap pelayanan.
Pada sektor kinerja, MTsN 9 Bantul mempunyai inovasi 9 Program Unggulan, yaitu Giat Prestasi Masemba (GPM), Publikasi Tiada Henti (PUTIH), Gerakan Literasi Masemba (GELIMAS), Sadar Adiwiyata Masemba (SADAM), One Day One Thousand (ODOT), Jumat Ceria (JUMARIA), Sabtu Masemba Berdzikir (SMB), Pengajian Guru, Orang Tua, dan Siswa (PGOS), dan Forum Sinergi Masyarakat, Komite, dan Masemba (FORSIMBA).
Selain itu, MTsN 9 Bantul juga telah melakukan digitaliasasi madrasah yang meliputi pemanfaatan teknologi informasi dalam pengukuran unit kerja, operasional SDM, dan pelayanan publik.
Pada sektor penguatan integritas untuk mencegah KKN, MTsN 9 Bantul mempunyai inovasi 9 Program Antikorupsi dan Gratifikasi, yaitu Unit Pengendali Gratifikasi (UPG), sosialisasi internal dan eksternal, pemakaian pin antigratifikasi setiap hari, workshop antigratifikasi bersama Ombudsman perwakilan DIY, pengucapan 5 nilai budaya kerja Kementerian Agama dalam setiap kegiatan, menyanyikan lagu mars visi MTsN 9 Bantul dalam setiap kegiatan, pembuatan yel-yel zona integritas oleh guru, pegawai, dan siswa, aduan masyarakat melalui website, whatsapp, dan PTSP offline, serta aduan masyarakat melalui SP4N Lapor.
Septian, salah satu TPN KemenPAN-RB memberikan apresiasi tinggi terhadap progres capaian pembangunan ZI WBK di MTsN 9 Bantul. Menurut Septian, pembanguan ZI WBK di MTsN 9 Bantul sudah sangat baik. Ia mengatakan MTsN 9 Bantul merupakan satu-satunya sekolah yang mempunyai komitmen tinggi dalam pembangunan ZI WBK.
